虽然水晶和玛瑙的化学成分都是二氧化硅，但二者还是有一些区别的，水晶是单晶体，一块水晶通常是一个水晶晶体，而玛瑙则是多晶集合体，在电子显微镜下看到玛瑙则是由无数微小的二氧化硅的晶体组成，所以通常玛瑙是半透明的，而水晶则是透明的。

　　玛瑙和玉髓与相似玉石的区别

　　玛瑙和玉髓均为隐晶质石英，矿物学中统称为玉髓。宝石界将其中具纹带构造隐晶质块体石英称为玛瑙。玛瑙具有各种颜色的环带条纹，如果块体无纹带构造则称玉髓。晶体形态属隐晶质，具粒状、纤维状结构，集合体常为钟乳状、肾状、结核状、致密块状。玛瑙和玉髓纯者为白色，因含色素离子和杂质使玛瑙颜色非常丰富，所以有“千种玛瑙万种玉”之说，颜色为红、蓝、绿、葱绿、黄褐、褐、紫、灰、黑等色，且有同心状、层状、波纹状、斑纹状各样花纹。油脂光泽至玻璃光泽，透明至半透明。无解理，贝壳状断口，有裂纹。

　　玛瑙和玉髓根据不同颜色、纹带及其它花纹可以区分开。玉髓制品易与东陵石、密玉、碧玉等相混淆，可以根据颜色、质地、密度等方面的差别来区分。玉髓制品光亮、隐晶质结构，质地细腻。东陵石等石英岩颗粒粗大，细粒结构，质地相对较粗糙。与绿玉髓相似的玉石有绿色翡翠、绿松石、天河石等。绿色翡翠变斑晶交织结构，可见到斑晶或纤维状硬玉晶体。绿松石透明度差，瓷器光泽，硬度低，为5-6。天河石具有明显格子状条纹。