水晶原石一般均保留一定的晶体形态，因此用肉眼就能区分是否是“天然”或“合成”水晶。天然水晶原石一般呈六方柱状晶体，常在一端见有一锥体，晶面上常见有生长条纹及特殊蚀象，生长丘、溶蚀凹坑，晶体中常见有气、液、固三相包裹体及绵、裂、色带、幻影、蓝针等。合成水晶一般呈六方板状晶体，晶面上见有“鹅卵石”状结构，晶体中间有籽晶，垂直籽晶片常见有钉状包裹体及渣状包裹体，常见气液二相包裹体。

　　市面上常见有用光学玻璃、石英玻璃、紫色萤石及冰洲石加工成六方柱体，冒充天然水晶原石出售，遇到这种情况，可采取一刻、二看、三查的办法。一刻：在不显眼的地方，用一块小水晶石轻轻刻划上述仿冒品，均能刻得动，因为上述仿冒品的硬度均比水晶小。二看：看柱体表面有没有被加工(研磨、抛光)留下的痕迹。三查：将仿冒品置于正交偏光仪下，石英玻璃、光学玻璃、萤石为均质体，均为全消光(百姓叫全黑)，冰洲石是非均质体，当转动实物360。视域观察时将出现四明四暗。如果要正确对于上述四种仿冒品进行定名的话，可用下述方法，硬度比较法：石英玻璃为6，光学玻璃为5—5.5，萤石为4，冰洲石为3。另外透过冰洲石观察可见到“双影字”，光学玻璃中常有气泡，而石英玻璃中常见有未熔化白色方石英及流线构造。在水晶原石交易中，还经常见有不规则的玻璃大块，似河流中的大卵石，块体棱角均圆化或钝化，表面均已毛玻璃化，并粘有泥土物质，有时块体的边部常开一个窗口，通过窗口观察，内部纯净无瑕，宣称优质水晶，并要以高价。遇到这种情况，只要采用一掂、二刻、三摸就能区别。一掂就是放在手上掂掂重量感，玻璃者(铅玻璃除外)重感轻。二刻就是用水晶刻划怀疑物能刻动者为玻璃。三摸就是用手触摸怀疑物，玻璃者温感明显，水晶者则凉感明显。