珊瑚的颜色，若只是虫黄藻的颜色那将多么单调。放一张本人拍摄的紫色的矛枝鹿角珊瑚Acroporaaspera的照片作为开头吧。

　　珊瑚，是一种体内共生着虫黄藻的动物。如图，这看上去是一棵的珊瑚，却是无数珊瑚虫形成的一个群体。如果仔细看，枝丫上那一颗颗的突起，那一颗便是一只珊瑚虫，而珊瑚虫里，共生着名为虫黄藻Symbiodiniumspp。的藻类。珊瑚虫在靠自己带有刺细胞的触手捕捉浮游动物作为能量来源的同时，依靠着虫黄藻的光合作用获取能量。

　　介绍完基础知识，回到题主的问题：

　　虫黄藻一般是褐色、黄绿色、茶色，这是虫黄藻体内色素所决定的。而珊瑚虫自身也是也是含有色素的。珊瑚虫所含的色素分为两种：荧光色素和非荧光色素。荧光色素中最具代表性的就是绿色荧光蛋白，作用是将有害的紫外线转化成绿光。因此夜潜的时候用紫色灯照射含有绿色荧光蛋白的珊瑚，则会看到绿色荧光。而非荧光色素，则是将一部分强光反射来保护自身。图中紫色的矛枝鹿角珊瑚所显示的紫色就是它自身的非荧光色素的颜色。而矛枝鹿角珊瑚也有褐色、褐绿色的群体，这是因为当光线不足，为了增加光合作用效率，珊瑚体内的虫黄藻密度增加，渐渐的，虫黄藻的颜色加深，掩盖过了珊瑚虫自身的色素色彩。