水晶和水草玛瑙的化学成分都是二氧化硅，但二者还是有一些区别，水晶是单晶体，一块水晶通常是一个水晶晶体，而水草玛瑙则是多晶集合体，在电子显微镜下看到水草玛瑙则是由无数微小的二氧化硅的晶体组成，所以通常水草玛瑙是半透明的，而水晶则是透明的。

　　颜色

　　真水草玛瑙色泽鲜明光亮，假玛瑙的色和光均差一些，二者对比较为明显。

　　质地

　　假水草玛瑙多为石料仿制，较水草真玛瑙质地软，用玉在假玛瑙上可划出痕迹，而真品则划不出。

　　工艺

　　优质水草玛瑙的生产工艺严格且先进，故表面光亮度好，镶嵌牢固、周正，无划痕、裂纹。

　　透明度

　　真水草玛瑙透明度不如人工合成的好，稍有混沌，有的可看见自然水线或“云彩”，而人工合成的玛瑙透明度好，象玻璃球一样透明。

　　重量

　　真水草玛瑙首饰比人工合成的玛瑙首饰重一些。

　　温度

　　真玛瑙冬暖夏凉，而人工合成玛瑙随外界温度而变化，天热它也变热，天凉它也变凉。