启功在从事古书画鉴定的几十年时间里，充分运用他在古典文献、古文字等方面的深厚积累，总结出了不少关于古书画鉴定的经验和心得，发表了不少颇有见解的关于书画鉴定的文章，如《〈平复帖〉说并释文》、《〈兰亭帖〉考》、《旧题张旭草书古诗帖辨》、《孙过庭〈书谱〉考》、《从〈戏鸿堂帖〉看董其昌对法书的鉴定》、《董其昌书画代笔人考》、《谈南宋院画上题字的“杨妹子”》等等，给了我们很多提示，也使我们可以清晰地看到启功以文史文献考证为主的鉴定方法和鉴定观念，我们可以举实例来分析说明启功的书画鉴定方法的特色。在启功的《鉴定书画二三例》一文中，举米芾的《宝章待访录》和张即之写的《汪氏报本庵记》为例，启功判断这两件的破绽，并非笔墨风格或其他，而是文字中的一个“某”字。他谈道：“(《宝章待访录》)这卷墨迹，我没见到过，但从张丑抄录的文词看，可以断定是一件伪作。理由是，其中凡米芾提到自己处，都不作‘芾’，而作‘某’。我们今天看到许多米芾的真迹，凡自称名处，全都作‘黻’或‘芾’，他记录所见书画的零条札记，流传的有墨迹也有石刻，石刻如《英光堂帖》、《群玉堂帖》等，都没有自己称名作‘某’字的。可知这卷墨迹必是出自米氏子孙手所抄……然而卷尾还有一行‘元祐丙寅八月九日米芾元章撰’，这便坏了，从卷中自避其名，而卷尾忽署名与字这点上看，也是自相矛盾的。” (启功著 《启功丛稿·题跋卷》，中华书局，1999年7月，第89页)

　　这是典型的以作品文字的考证来作为鉴伪手段的方法。启功还有用对古画名款的考证来判断真伪的。以范宽为例，据郭若虚《图画见闻志》中所记，“宽”是范中正之诨号，因为自己不可能落自己诨号的款，那么在作品的名款上署“臣范宽制”显然有问题，但如果是从画法上来看，确是与范宽风格相符，那么，从对名款的考证中，这件署名范宽的作品最多是宋代范派的画而非范宽本人所作。

　　在考证中，还有许多以背景文史资料为依据的鉴定方法。最具代表性的是启功的《董其昌书画代笔人考》，其中就以大量的文史文献依据，如前人手札、跋文、随笔杂记、文集诗集、书论画论，来证明董其昌有多少如赵左、沈士充这样的代笔者，从文史文献的考证中分析他们与董氏绘画的相同与相异之处，从而对作品作出客观判断。

　　启功总结出了他多年的研究经验，同时也对其他的鉴定依据提出了一些看法。如启功对历代以著录为依据来鉴定书画真伪的方法提出了质疑。他说：“在摄影印刷技术没有发达之前，古书画全凭文字记载，称为‘著录’。见于著名收藏鉴赏家著录的作品，有时声价十倍。其实著录中也不知误收多少伪作品，或冤屈了多少好作品。如《宝章待访录》，如果看到原件，印证末行款字是否后人妄加，它可能不失为一件宋代米氏后人传录之本;《汪氏报本庵记》如果仅凭《石渠宝笈》和《墨妙轩帖》，它便成了伪作……”“古代书画不是一个‘真’字或一个‘假’字所能概括;‘著录’书也在可凭不可凭之间;古书画的鉴定，有许多问题是在书画本身以外的。” (启功著 《启功丛稿·题跋卷》，中华书局，1999年7月，第92页)启功所说的书画本身以外的许多问题，从他的实际操作方法中可见，大多从对作品文字、题款和相关文史文献等各方面的考证中得来，而并非偏重历代著录或偏重对书画作品艺术风格的分析和感受。