由于宋王朝南迁，文化中心南移;宋末元初战乱，大量的笔工迁往湖州或徽州，再加之湖州制笔历史悠久，原材料丰富，逐渐取代了宣州，成为制笔中心。就天时、地利、材美而言，湖州与宣州一样，具有原材料的优势，皖南以及附近地区的兔毫同样为湖州所共享。此外，与宣州比较而言，湖州还有羊毛原料的便利。

　　湖州制笔以善琏镇为最，历代精通笔艺的文人如颜真卿、杜牧、苏轼等先后客居湖州，对湖州的制笔业产生过影响。被记载下来的著名笔工也以湖州最多，声名最著的笔工冯应科在当时与赵孟頫、钱舜举齐名。

　　在元代，湖笔延续了宣州紫毫笔的传统，主要生产紫毫笔及兼毫笔。孔齐《笔品》详细地记述了元代湖州及钱塘一带主要盛行的以兔毫为心的三副笔、纯兔毫的枣心笔、纯兔毫的散卓笔以及小部分的羊毫兰蕊。上等羊毛细而有骨，色白而润，裹芯且外观美，适合做披毛。由此得知，元代以前羊毛主要用来作笔副、笔披。

　　明清时期毛笔的品种就更加丰富了。明代前期延续了元代的风格;明中后期，受建筑空间增高的影响，大幅立轴行草书盛行，对笔的形制要求更大更长，于是人们制造出蓄墨较多的长锋笔，及以长而硬的猪鬃、马鬃等为材料的斗笔及楂笔。在明代各种形制及毛料的笔，比如刚劲的紫毫笔、刚中带有韧性的狼毫笔及兼毫笔、绵柔的长锋湖笔等各有所长。毛笔的笔头形状也有所变化，有传统的竹笋形，也有兰花蕊形、宝塔形等，湖笔还创新出葫芦形的笔样，这些变化利弊兼有，但紫毫、狼毫一类的硬毫笔与兼毫笔仍然占据主流地位。

　　清代，由于碑学的兴起和生宣纸的应用，需要毛笔的笔毛长、蓄墨量大，进而出现了大量纯羊毫毛笔，清代许多书家包括碑派书家尤喜用羊毫，羊毫长度适合制作大笔。梁同书、邓石如、何绍基、赵之谦、吴昌硕等书家均擅用羊毫书写。除了羊毫笔外，其他种类也应有尽有，小楷多为紫毫笔，专写大字或特大字用的提笔、揸笔抓笔，所用毛料要长而有弹性有力度，一般采用马毫、猪鬃等，并加入少量羊毫及苘麻。