玛瑙的历史十分遥远，大约在一亿年以前,地下岩浆由于地壳的变动而大量喷出,熔岩冷却时，蒸气和其他气体形成气泡。气泡在岩石冻结时被封起来而形成许多洞孔。很久以后，洞孔浸入含有二氧化硅的溶液凝结成硅胶。含铁岩石的可熔成份进入硅胶，最后二氧化硅结晶为玛瑙。在矿物学中，它属于玉髓类，是具有不同颜色且呈环带状分布的石髓。通常是由二氧化硅的胶体沿岩石的空洞或空隙的周壁向中心逐渐充填、形成同心层状或平行层状块体。

了解玛瑙的成因和上文中有关天珠的传说，我们就明白早期天珠应该就是天然玛瑙的特殊一种(九眼石页岩，含有玉质及玛瑙成份)，因为它在地下岩浆由于地壳的变动而大量喷出时，所处的环境不同，形成了比普通玛瑙更加美丽殊胜的天然图腾，也就是最最早期的天珠。当然天珠有自己的标准，不是随便捡个有点点象"眼、线、方格"等图案的玛瑙就是天珠。"眼"要圆(包括椭圆)，线条要粗、图腾色泽要对比明显，而非玛瑙本身的暗纹替代的。

目前最常见的天然天珠就是药师珠，药师珠又称圆线珠，外形多为扁豆型的珠身，而珠身中间有一条白色的条纹，每颗药师珠的纹路都是天然形成的，属于天珠族群的一种。"药师珠"一名的由来，据说若在密封的小空间中，将药师珠握于手掌中心，令其珠体温度升高，一段时间后开启，则会自然散发出一股药香味道，因而得名。而传说中，药师珠还有疗病与避邪的功效。