2019年1月13日，陈其南正式卸任台北故宫博物院院长，距其上任院长职短短180天，陈其南也被称为史上任期最短的院长，“故宫台湾化”、“闭馆三年”、“国宝赴日参展”等更是让陈其南短暂任期内热议不断。

　　与此同时，台北故宫博物院馆藏颜真卿《祭侄文稿》、怀素《自叙帖》、褚遂良《黄绢本兰亭卷》、怀素《小草千字文》等作品在日本参加“颜真卿，超越王羲之的名笔”一展，也将在1月16日开幕，舆论热议愈演愈烈，再次将陈其南推向舆论的风口浪尖中。

　　时间追溯到2018年7月16日，台北故宫博物院举行新任院长陈其南上任的交接典礼，当天陈其南的一番演讲就引发争议：上任后的重要任务是让故宫典藏文物和台湾文化产生连结，让故宫成为‘台湾人的故宫’。”当即，陈其南的言论遭到台湾主流媒体和学界、政界人士的强烈质疑与批评。

　　一波未平一波又起，2018年11月中上旬流出消息，台北故宫博物院北部院区拟于2020年闭馆整修3年，展品将改到南院展出，随即台北故宫博物院再次陷入热议。11月14日，台北故宫博物院方面对外回应称：北部院区正馆即将全面进行整建工程及北展南移事宜，陈其南回答目前正在评估、尚未定案。此后，该事件不了了之。

　　真正点燃公众情绪的“大火”来自于台北故宫博物院国宝文物出借日本展览一事。

　　众所周知，台北故宫博物院文物借展的条件近乎“苛刻”，这也直接造成了两岸文物交流的困局：首先，借展文物的单位，应称作“国立故宫博物院”;其次要通过司法免扣押法案。

　　在两岸关系最为和缓的年份里，双方都希望能进行文物与展览的双向交流，但最终实现的却都只是大陆单方面的文物输送：2009年10月，北京故宫博物院借展37件文物，参与了台北故宫当年的“雍正大展”;2010年10月，浙江省博物馆与台北故宫合办“山水合璧——黄公望与富春山居图”特展，浙博的《富春山居图》(剩山卷)赴台展出，而浙博希望台方能够同意“愿意在适当的时候，促成本院所藏《富春山居图》(无用师卷)到大陆展出”，却一直未能等到回复。

　　此番，陈其南任职期间颜真卿《祭侄文稿》等外借日本东京国立博物馆一事，首先在日本境内所出现的宣传广告中均未能见标识该展品的借出单位;其次国宝级的展品境外借展，在文博界、司法界、监察单位等来讲是否合乎法定审核程序。

　　对此，陈其南在任职台北故宫博物院期间并未有正式回应，颇有意味的是，陈其南在此展开幕前三日卸任院长一职。